Syeikh Juned Tola meninggal dunia pada hari Selasa, 10 Mac 1948. Ada sangkaan bahawa kematian beliau disebabkan termakan racun. Jika benar demikian, meskipun beliau tidak mencari lawan, namun setiap perubahan baru mesti ada penentangnya. Dan beliau sebagai seorang pembaharu tentulah pula mendapat tentangan keras. Jenazahnya dikebumikan di hadapan Madrasah Al-Junidiah di kampung kelahirannya di Kampung Lamo, Hutanamale, Puncak Sorik Marapi Mandailing Natal. Walaupun beliau telah pergi, namun harta wakaf yang beliau tinggalkan terus berkekalan dan terus memberikan sumbangan kepada umat Islam. Dalam sejarah hidupnya Syeikh Juned melambangkan seorang ulama yang peka terhadap persekitarannya. Realiti masyarakat pada waktu itu memerlukan pembasmian kejahilan, pembinaan ekonomi ummah dan pembebasan daripada cengkaman penjajahan. Beliau cuba menggerakkan bangsanya supaya mampu berdikari dan dihormati seperti yang dituntut oleh Islam. Syeikh Juned ialah seorang ulama tetapi kesedaran ekonomi, politik, dan pendidikan yang beliau tanamkan kepada pelajar dan masyarakatnya akan terus meletakkannya sebagai seorang ulama, yang mempunyai keistimewaan yang tersendiri.

Syeikh Juned telah menunjukkan sisi yang lain daripada Pembaharuan Islam yang melingkupi semua aspek kehidupan manusia itu. Tekanan beliau tidak ke atas perbezaan dalam soal furu'. Beliau tidak menonjolkan perbezaan anggapan tentang Sifat Dua Puluh, usalli, qunut, dan sebagainya. Beliau lebih menujukan perhatiannya kepada pembaharuan mental, ekonomi, pendidikan, dan politik. Beliau ingin memanfaatkan institusi Islam yang selama ini diabaikan orang seperti wakaf dan khidmat masyarakat. Walau bagaimanapun, beliau tidak menyukai perkara bidaah dan khurafat. Beliau ingin mengembalikan umat Islam kepada Islam yang sebenarnya, yang berpegang kepada al-Quran dan al-Hadis.

Mungkin beliau tidak meninggalkan sesuatu yang nyata. Beliau tidak menegakkan monumen untuk dirinya. Sekolah yang telah didirikannya itu pun dewasa ini serupa sekolah biasa, tidak ada keistimewaannya pada masa kini. Namun, beliau telah menjadikan perjuangannya sebarisan batu-bata di dalam mendirikan suatu bangunan umat Islam yang kuat dan menjadi pendukung Malaysia merdeka. Beliau telah menanamkan rasa harga diri kepada umat Islam. Beliau telah membangunkan semangat berdikari dalam hati umat Islam. Beliau telah menunjukkan bahawa kaum muslimin juga mempunyai kemampuan yang sama dengan bangsa-bangsa lain untuk menyusun kehidupan yang lebih baik di dunia ini. Beliau telah menanamkan semangat merdeka, dan bahawa kemerdekaan dalam politik dan ekonomi adalah matlamat Islam untuk umatnya.

Itulah dia jasa dan peranan Syeikh Juned Tola di dalam pembaharuan dan kebangunan umat Islam Malaysia. Beliau memang tidak mempunyai monumen untuk dirinya. Namun banyak yang ditinggalkannya kepada bangsanya yang terdiri daripada nilai yang berharga untuk menyongsong kebangunan baru umat Islam.